楽しんで短期教室に通ったから、入会したのに入会した途端『イヤイヤ期』は、あるある話です。
無理矢理行かせて、突然楽しくなる事もあると思います。
振替を取ってみても雰囲気、お友達が変わり良いかも知れません。(振替は、変わる事が嫌な子もいます！)
一緒にプールに行ってみるのも一つです。(絶対に練習はしない事！目的はプールという環境に入る事なので)
思い切って休んでみる(責めない、次の週は休まないで行ってみる)

色々方法はありますが、『なぜ嫌なのか？』を寄り添いながら感じなければ、一度行ってもまた行き渋りはやって来ます。
笑顔でいてくれ、楽しんでくれたらいいくらいのスタンスで、あまり大事にさせず心配もし過ぎて伝わる事の無いように気を付ける必要があります。